Obligement - L'Amiga au maximum

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Dossier : Chimie sur Amiga
(Article écrit par Régis Rampnous et extrait d'Amiga News - octobre 1992)


Une des plus grandes difficultés dans la recherche semble être la présentation des résultats. Un chercheur me confiait récemment qu'il considérait que 90% des résultats des travaux étaient perdus en raison de la difficulté de se les représenter. L'ordinateur est heureusement venu à leur aide et a permis de combler, partiellement, cette lacune.

Les laboratoires de recherche en informatique ont beaucoup travaillé sur ce problème, et en particulier sur la représentation des atomes et des molécules. L'arrangement des différents atomes d'une molécule dépend de nombreux paramètres comme l'énergie des différents atomes, le type de liaison, etc. Les logiciels actuels permettent de jouer, en 3D, avec de nombreuses molécules mais nécessitent des stations de travail très puissantes.

Des bases de données très complètes sont accessibles aux chercheurs, ainsi qu'une puissance de calcul importante permettant d'observer et de faire bouger les molécules.

Inventez des molécules

Sur votre ordinateur préféré, vous pouvez aussi vous lancer dans la chimie et même créer vos propres molécules sans risque ! Vous explorerez la structure en 3D des molécules organiques et de l'ADN. Il ne sera pas toujours possible de faire bouger les molécules ou de traiter les plus grosses d'entre elles faute de puissance (processeur et mémoire).

Plusieurs types de représentations existent, en particulier sous les formes suivantes :
  • Noms des atomes reliés par des traits, assez sobre et destinée de préférence aux chimistes (fig. 1).
  • Atomes représentés par des boules de couleurs différentes. Cette méthode est souvent utilisée dans les écoles, permettant une vision 3D (fig. 2).
  • Atomes représentés par des cercles de couleurs (fig. 3).
Chimie et Amiga

Chemestetics : quand la chimie se veut artistique

Ce logiciel est disponible en shareware et permet d'obtenir de belles images grâce à la description de molécules. Il permet l'affichage des atomes soit sous forme de cercles (outlines) soit sous forme de boules (calottes). Cette dernière demande un peu plus de temps mais il est possible de faire afficher une estimation du temps nécessaire : celui-ci est mis à jour après l'affichage de chaque atome. La molécule de dioxine nécessite environ 5 minutes avec un 68030 à 28 MHz pour 16 atomes. L'affichage sous forme de cercles est instantané.

Les images peuvent être sauvegardées sous le format IFF. De nombreux exemples sont inclus et il est très facile de créer de nouvelles molécules... ou de modifier les molécules existantes pour jouer à l'alchimiste. Il est possible de sauvegarder les données correspondantes. Celles-ci concernent la position de chaque atome ainsi que son nom. L'écran de saisie de ces paramètres est très facile d'emploi. Les différents paramètres peuvent être obtenus soit par une analyse aux rayons X soit par la lecture d'ouvrages de chimie organique. Personnellement, j'ai choisi la seconde solution.

La palette 16 couleurs peut être modifiée facilement, soit pour une image, soit grâce au menu "Préférences". Dans ce cas, vous retrouverez cette palette lors d'une nouvelle utilisation du programme. La plupart des commandes sont accessibles au clavier en plus du choix par menu.

Pour les programmeurs, le source en langage C est fourni.

Il est possible de convertir les fichiers de données pour DKB Ray Tracer (ray-tracer domaine public). Malheureusement, l'outil de conversion est fourni uniquement sous forme de source C dans la version 2.11 du logiciel. L'auteur prévoit de l'incorporer dans une prochaine version.

Chimie et Amiga

Chimie et Amiga

Distributeur : Joerg Fenin, Zum Jaegerfeld 19, 2100 Hamburg 90, Allemagne.
Prix : shareware, 15 $.

MoG : Molecular Graphics

C'est un programme commercial disponible outre-Manche. Les liaisons entre les atomes sont affichées, ainsi que le nom des atomes. Cette représentation est donc plus sobre et plus technique.

Les couleurs peuvent être affectées aux atomes ou aux acides aminés. Il est possible de lire des fichiers de données aux formats PDB et CSSR, de récupérer des parties de molécules d'une bibliothèque. Il permet aussi de déplacer et de tourner des groupes d'atomes.

Le programme CPK, qui peut être lancé depuis MoG, donne l'accès au ray-tracing. Il est possible également d'utiliser un traceur pour obtenir desserties sur papier. Le logiciel AMPlot diffusé par la même petite société permet de créer une sortie PostScript. Il peut intéresser tout utilisateur Amiga désirant tracer des graphiques pour une imprimante PostScript pour des logiciels permettant d'importer des fichiers PostScript.

Pour les programmeurs, une bibliothèque est disponible, permettant d'utiliser MoG pour l'affichage graphique.

Ce logiciel devrait plutôt intéresser les passionnés et les enseignants.

Chimie et Amiga

Distributeur : SciTech Software, 23 Stag Leys Ashtead, Surrey KT21 2TD, Royaume-Uni.
Prix : commercial, 100 £ (environ 1000 FF). Version coprocesseur : 150 £ (environ 1500 FF).

Des réactions animées

Un logiciel, Chemes Anim, vous permettra d'enregistrer sur votre magnétoscope des réactions chimiques (sans danger pour celui-ci).

Chimie et Amiga
Molécule imaginaire pouvant être
animée avec Chemes Anim


Il est accessible uniquement sous Shell et donc moins facile d'utilisation. La représentation est sous forme de disques de couleur avec le nom de l'atome et de simples traits pour les relier.

Bien sûr, il est possible de faire tourner les molécules. Il est possible de détacher des atomes, de dessiner des réactions chimiques en ajoutant une molécule. Les animations réalisées pourront être très didactiques. Pour arriver à ce résultat, un travail assez important est à prévoir. La maîtrise du logiciel est assez longue à obtenir du fait de l'absence d'une interface utilisateur graphique et la nécessité d'écrire l'animation avec un éditeur de texte.

Distributeur : Klaas van Gend, Hoekerstraat 9b, 5987 An Egchel, Pays-Bas.
Prix : freeware.

Crystals ou voir en stéréoscopie

Ce programme vous permettra de visualiser 14 structures cristallines en relief ! Vous devrez vous procurer une paire de lunettes colorées ou les fabriquer vous-même : un filtre bleu ou vert pour l'oeil droit et un rouge pour l'oeil gauche.

Les cristaux paraissent à traverser l'écran ! Il est possible de faire tourner les cristaux dans toutes les directions soit avec une manette de jeux soit à l'aide des touches de direction du clavier. Ce programme incorpore un mode d'emploi sonore et visuel. Le son peut être désactivé.

Ce programme reste un peu limité mais il est intéressant pour voir les possibilités d'affichage en relief.

Distributeur : David M. McKinstry, M.S. 68, Physics Department, Eastern Washington University, Cheney WA 99004, États-Unis.
Prix : shareware, 15 $. Lunettes plastiques : 5 $.

La table périodique des éléments

Elle sera affichée sur votre écran grâce à un shareware : Elements. La dernière version nécessite AmigaOS 2.0.

Deux modes de fonctionnement : information et test. Le bouton de la souris permet en fonction du mode, deux actions différentes :
  • En mode test, vous serez invités à répondre à quelques questions sur l'élément choisi : nom, poids, structure, etc.
  • En mode info, une description complète de l'atome vous est proposée. Si vous sélectionnez un second élément en gardant la touche "Shift" appuyée, vous connaîtrez le type de liaison entre les deux.
Les menus déroulants vous permettront d'accéder à des affichages d'informations diverses sur les particules sub-atomiques et les isotopes radioactifs. Un aide mémoire très utile...

Chimie et Amiga

Distribteur : Paul Miller, PO. Box 635, Blacksburg VA 24063-0635, États-Unis.
Prix : shareware, 15 $.

H2O + NaCl = HCL + NaOH ?

Grâce à votre Amiga vous pourrez donc inverser les processus chimiques, mais cela ne restera que fiction... ou pourra peut-être vous conduire dans des recherches nouvelles... chimiques ou artistiques.


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